１２月１１日東京８時発京都１６時３０分着。１２日京都７時発山田１０時着、４６１号車には無線機３基を装置し、将校２名下士官以下９名が乗車し指導列車及び軍部の情報交換にあたった。４６０号車には、懐中電灯３０個と踏み台２個、自転車１台が積み込まれた。供奉車は、全部半夜燈回線に管制球を使用し、室内５ワットその他３ワットとし御料車のデッキ廊下、次室御厠 ( 便所 ) には管制球を使用した。

　供奉車３４０号イ室には、近衛師団参謀長から依頼された「よ号装置 」が積載された。これは、大井工場で制作した移動防空壕で、空襲のためお召列車が停止したとき天皇陛下に避難していただく、大型金庫のようなものである。お召列車運転終了後ただちに解体されその図面は焼却された。

　指導列車は、１１日東京発前頭スハフ・カニ・スハニの３両で東京７時４７分発京都１５時５６分着、翌京都６時４３分発山田９時４３分着、御参拝を待ち山田１３時４５分発 ( お召列車１４時５分発 ) 京都１６時４７分着、１３日京都８時７分発 ( お召列車８時２０分発 ) 東京１６時２０分着で運転した。スハフに軍人５０名、カニに機関砲４門と弾薬、スハニは鉄道用材と職員、下士官以下６名がお召列車と軍部の連絡を担当した。

　１２日２３時７分中部軍管区に警戒警報が発令、ついで西部･東部・青森を除く全区域に警戒警報が発令された。国鉄関係者は京都駅に集合し、軍部と宮内省に１３日のお召列車運転は予定通りである事を確認し１３日３時に解散した。お召列車運転に関係した国鉄職員は、高等官７８・判任官２，２５０・以下計１１，６９７名にのぼった。お召列車に全区間乗車したのは、総理大臣東条英機・鉄道大臣八田嘉明・鉄道省業務局長・憲兵司令官の方々であった。